Qual é a melhor maneira de converter um pdf para um formato amigável para acender ou outro formato amigável para leitor de ebooks?

Hi lá, espero que isto ajude um pouco.
PDF não é suposto voltar a fluir. É um formato de layout fixo. A maioria dos eReaders pode exibir PDF.

Se você precisar convertê-lo para o formato Kindle você deve considerar o Kindle fixed-layout (imprimir réplica). Você pode usar Amazon's Kindle Textbook Creator para criar este formato. Ele irá manter o layout do PDF. Este arquivo estará disponível em Kindle Fire, iPhone, iPad, Android Tablets e Smart phones, assim como Mac e Windows PCs - não funcionará em dispositivos de e-Ink. Para distribuir este tipo de eBook você precisará de uma conta com Kindle Direct Publishing.

Existem vários outros softwares para converter de PDF para ePub, a maioria deles lhe dará um resultado ruim e muitos ajustes em html serão necessários para limpar o eBook.

Se o seu PDF é principalmente texto, pode ser uma boa ideia extrair o texto para o Word ou Páginas (no Mac) e depois exportá-lo/gravá-lo como ePub. (procure na Mac App Store por PDF para Word) Há também alguns conversores de PDF para ePub para Mac.
Sorry, don'não conheço as soluções no Windows mas tenho a certeza de que haverá muito para experimentar.