Como recompilar um código fonte Android em um arquivo JAR

É importante entender que este é um processo de dois passos.

P>Primeiro é compilar com o compilador javac e depois segundo é empacotar com a ferramenta jar. A saída do passo de compilação são os arquivos .class com todos os arquivos de recursos relacionados como arquivos .properties ...etc... Para compilar os arquivos .java para arquivos .class é importante usar a versão compatível do javac JDK e configurar o nível de conformidade do compilador (release, source e opções de destino do javac) . Por exemplo, hoje em dia, em vários casos para compatibilidade você precisa do nível de conformidade 1.8, depende do seu ambiente, requisitos...

No eclipse seus arquivos de classe são tipicamente compilados em um /bin ou com maven eles estão no diretório target/classes. As configurações do Compilador Java são:

Após ter um empacotamento bem sucedido do passo de compilação é simples. A ferramenta Jar é semelhante à ferramenta zip (após renomear .jar para .zip é possível olhar para o conteúdo). Você dá todos os arquivos de entrada, opções como compressão e diretórios e você recebe um arquivo .jar contendo os arquivos de classe e todos os outros recursos. É possível incluir arquivos fonte .java, arquivos de configuração, arquivos de informação de versão, arquivos de manifesto, javadoc e outra documentação ...etc... depende de seus requisitos...

Deve ser simples copiar o conteúdo e estrutura do arquivo .jar original com os novos arquivos de classe, então eu assumo que seu problema é mais o processo de compilação...