Quão difícil é criar a minha própria loja de aplicativos?

Bem, isso depende principalmente do que você chama de aplicativos. Se você'está falando sobre aplicações web (como na loja web cromada), it'não é o mesmo que se você está falando sobre aplicações andróides, e definitivamente não é o mesmo que se você está falando sobre aplicações IOS, porque neste caso é impossível.
Agora só para ser claro, estou respondendo isso para responder a pergunta sobre a arquitetura. Para responder o quão difícil, eu diria impossível se você tiver que fazer a pergunta.

Basicamente, você precisa de um lado do servidor com uma base de dados de aplicações. Cada aplicativo é basicamente um link, seja para um apk, ou para um aplicativo HTML, assim como um monte de metadados.
Você precisa de um "site de desenvolvedores" onde as pessoas se registrem para poder adicionar seu aplicativo. Este site precisa de um sistema de gerenciamento de contas (as pessoas precisam ser capazes de se inscrever, entrar, sair), incluindo permissão detalhada (algumas contas podem não ser capazes de acessar alguma parte da definição da aplicação, como uma conta de operador só acessará as partes de metadados da aplicação), um sistema de grupo, etc. Escusado será dizer que tudo precisa estar bem seguro.

Então você precisa de um site de clientes. Este website irá puxar a descrição da aplicação diferente da base de dados para alimentar o seu conteúdo, com filtros, ordenação, conteúdo colocado no topo etc.
Quando o utilizador clica num conteúdo, abre o link correspondente.

Agora, fazendo tudo isso, se for um programador profissional de pilha cheia, pode demorar algum tempo, mas é exequível, mesmo por apenas uma pessoa. Onde se torna complicado é quando você começa a falar sobre dinheiro. Porque se você precisa que o usuário seja capaz de pagar por cada aplicativo, para receber uma comissão e depois pagar ao desenvolvedor do aplicativo, você precisa de um sistema de emparelhamento completo. Eu próprio nunca fiz esse tipo de coisas, mas é aí que se torna bastante complicado. Você precisa monitorar, com segurança, o que cada usuário pagou. Para lhes dar acesso apenas a esse aplicativo e impedir o acesso a aplicativos não pagos. No caso do aplicativo web, isso provavelmente significa pedir ao desenvolvedor de cada aplicativo para incluir um proxy ao seu servidor para saber se o usuário é permitido ou não.

Então eu diria, se você quiser isso, você é um desenvolvedor profissional de pilha cheia (e por profissional quero dizer um que já trabalhou em uma empresa nesse tipo de coisas antes e não está apenas saindo de seu tutorial AngularJS), você provavelmente precisaria de 6 meses para completar, com uma UI muito básica (bootstrap ou design de material).
Se você não é um programador profissional de pilha cheia mas é um programador talentoso, pode levar 1 ano.
Se você não é um programador talentoso. você provavelmente nunca irá completar nem mesmo um décimo do que você precisa.