Como redefinir minhas configurações do Gmail
Gmail é uma aplicação web, então não há nada para instalar ou desinstalar.
E lá's não está disponível a opção "voltar às configurações de fábrica".
Não deve haver problema com uma etiqueta chamada "All Email", mas não substitui a etiqueta do sistema do GMail's "All mail".
As to missing messages...
Deixar todas as tabulações da Caixa de Entrada (se as tiver activadas)?
Deixar a etiqueta "All Mail" para as mensagens em falta? Que tal "Lixo" (ou "Lixeira", mas não "[imap]/Lixeira" ou qualquer outra coisa)? E que tal "Spam"?
Deixar a função Procurar Correio (com o termo "in:anywhere") no topo da página para procurar as mensagens em falta?
Loquear em Configurações->Filtros e Configurações->Reencaminhamento. Existe alguma coisa definida?
Você acessa sua conta com um cliente de e-mail (Outlook, Thunderbird, Pocomail, etc), telefone, notificador, ou qualquer outro add-on/ferramenta/web-site/etc? Qualquer coisa está habilitada em Configurações->POP/IMAP?
Check Settings -> Accounts -> Change Account Settings -> Other Google account settings -> Security -> Connected applications and sites -> Manage Access. Você já deu acesso à conta a qualquer outro site ou utilitário?