Qual é o melhor formato de arquivo para uma unidade flash USB 3.0?

Há alguns erros no seu comentário. FAT32 é na verdade o mais compatível em todo tipo de sistema. É provável que funcione em qualquer coisa que você plugue o drive em.

NTFS e exFAT nem tanto. Por exemplo, por padrão a máquina Apple só pode ler a partir de NTFS, mas a Apple adicionou suporte para exFAT em 2010 com o lançamento do OS X 10.6.5 (há até alguns Windows mais antigos que não podem usar isso) - há drivers de terceiros que você pode instalar para fazer isso funcionar completamente. A maioria dos Linuxes pode ler e escrever NTFS (através do driver NTFS-3G que normalmente é instalado por padrão na maioria dos Linuxes), mas você precisa instalar um driver de terceiros para o exFAT. E seria difícil encontrar algo como uma câmera digital que pode usar um cartão SD (por exemplo) que é formatado como NTFS, mas todos eles podem funcionar em FAT32, alguns mais novos também em exFAT.

Speedwise (como no outro número do seu comentário) FAT é um formato muito mais simples do que NTFS. Assim, para cada escrita, há menos a fazer. Então tende a ser mais rápido que NTFS, pelo menos no início, quando a unidade ainda está bastante vazia. O ExFAT é muito semelhante ao FAT32 neste caso. Mas o diferencial de velocidade é bastante mínimo entre FAT32 e NTFS, especialmente se você não ativar recursos NTFS como compressão e criptografia.

FAT32 tem algumas limitações, no entanto. Ele só tem a possibilidade de usar endereços inteiros de 32 bits. Assim, para permitir mais de 4 bilhões de posições na unidade, cada posição (cluster) precisa ser maior à medida que a unidade fica maior - ou seja, mesmo um arquivo pequeno começa a usar espaços maiores, pois ele tem que se encaixar em um dos clusters (seja se ele usa o cluster completo ou não). Também não é permitido que nenhum arquivo em FAT32 tenha mais de 4GiB de tamanho - novamente em relação aos valores de 32bit usados em FAT32. Por padrão o Windows permite que um drive seja formatado como FAT32 se seu tamanho for maior que 32GiB, caso contrário você precisa mexer com ele na linha de comando ou obter uma ferramenta de terceiros para formatar seu drive. FAT32 tem um limite rígido de cerca de 2TiB - o que significa que não é realmente possível formatar um drive além desse tamanho em FAT32.

Esta é a razão exata pela qual a Microsoft projetou exFAT. Ele usa endereços maiores para poder fazer uso de unidades maiores mais facilmente e permitir que os arquivos cresçam além do limite de 32bit. NTFS já usa 64bit de espaço de endereços, portanto não tem tais problemas para começar com.

Algo que nem FAT32 nem exFAT podem fazer é dar a pastas / arquivos particulares direitos de controle de acesso diferentes. Ou seja, é impossível proteger arquivos declarando que apenas estes usuários podem vê-los, aqueles podem abri-los, e que o grupo pode editá-los. Apenas NTFS (fora dos formatos que você lista) pode fazer este tipo de coisa.

E por último, apenas NTFS (novamente apenas fora dos formatos que você lista) usa uma forma de prevenção de erros chamada Journalling. Ele mantém um registro de todas as operações realizadas, de modo que mesmo que você desconecte a unidade ou a energia falhe enquanto algo está escrito, ele "sabe" o que já aconteceu e pode reverter tarefas não concluídas. Isto significa que é menos provável que um arquivo seja corrompido se algo impróprio acontecer. Esta é também a principal razão pela qual o NTFS pode funcionar um pouco mais lento que os outros - ele faz um pouco mais do que apenas armazenar o arquivo.