Existe uma web API descodificadora de código QR gratuita?

Se você estiver fazendo muito processamento, você precisará fazer você're possuir para que você não chegue aos outros sites.

Para Java, você poderia usar a biblioteca zxing (dê uma olhada no servlet de decodificação deles: http://code.google.com/p/zxing/source/browse/trunk/zxingorg/src/com/google/zxing/web/DecodeServlet.java). Você pode construir algo personalizado para fazer interface com, e implementá-lo no Google App Engine gratuitamente.

There's uma implementação em:http://zxing.org/w/decode.jspx (e uma implantação do App Engine em: http://zxing.appspot.com/generator/)

Para testar, você pode até mesmo colocar a url no código diretamente no endereço: http://zxing.org/w/decode?u=https://chart.googleapis.com/chart%3Fchs%3D150x150%26cht%3Dqr%26chl%3DHello%2520world%26choe%3DUTF-8&full=true (URL do código não descodificado: https://chart.googleapis.com/chart?chs=150x150&cht=qr&chl=Hello%20world&choe=UTF-8), e analise essa página se necessário.

Alternativamente, Kazuhiko Arase tem algumas implementações (e lá's alguns outros wrapper flutuando pela web, por exemplo: https://github.com/whomwah/rqrcode) :

Dê uma olhada em:
http://translate.google.com/translate?js=n&prev=_t&hl=en&ie=UTF-8&layout=2&eotf=1&sl=auto&tl=en&u=http://www.d-project.com/qrcode/index.html&act=url