Para que serve a incorporação de imagens nos PDFs do Illustrator?

Quando você salva um arquivo do Illustrator como um arquivo PDF, o Illustrator na verdade escreve 2 arquivos no arquivo resultante - um é um arquivo nativo do Illustrator (utilizado caso você volte a abrir o arquivo no Illustrator), e um é o arquivo PDF que outras pessoas vêem quando abrem o arquivo em qualquer outro lugar (ou seja, em um navegador, em Acrobat, InDesign, etc).

A porção PDF do arquivo sempre conterá imagens embutidas porque o PDF deve ser capaz de ser visualizado e impresso onde quer que seja aberto. No entanto, quando você reabrir o arquivo no Illustrator, você pode escolher se as imagens devem permanecer vinculadas ou se elas também devem ser embutidas.

Então, quando você está escolhendo se deseja embutir imagens ao criar um PDF, você não está escolhendo se deseja embutir as imagens na porção PDF do arquivo (lá você não tem escolha e as imagens sempre serão embutidas). Ao invés disso, você está instruindo o Illustrator a incorporar os arquivos no arquivo nativo do Illustrator que é usado se o PDF for reaberto novamente no Illustrator. Se você escolher incorporar imagens, se você pensar sobre isso, você está realmente incorporando 2 cópias completas de sua imagem no arquivo resultante - daí os arquivos maiores.