O que acontece ao Pokémon se eles estiverem lá dentro o Poké Ball é destruído?

Com base no que vemos ao capturarmos Pokémon nos jogos, podem ocorrer dois resultados possíveis:

1. Morreriam dentro deles. Neste caso, o método usado pela Poke Ball, seja encolhendo-os ou armazenando-os como dados, não importa realmente; o primeiro método certamente permitiria um fim muito mais horrível já que o Pokemon é literalmente esmagado por dentro; o segundo método, no entanto, poderia implicar uma possibilidade de recuperação. Como o Pokemon seria armazenado como dados, a Poke Ball deve ter algum tipo de meio de armazenamento que possa sobreviver e permitir que o Pokemon seja restaurado de alguma forma, seja através do PC ou de algum outro meio.
2. Um fail safe seria iniciado e o Pokemon seria liberado. Mais uma vez, o método empregado não importa realmente. Em todas as formas de mídia em que o Pokemon apareceu (sejam os jogos, a manga, o anime, o que quer que seja), está implícito que o processo de captura pode ser interrompido e desacoplado por um Pokemon suficientemente forte, pois provavelmente causa danos consideráveis à bola ao tentar escapar, desencadeando algum tipo de fail safe. É por isso que os jogadores devem enfraquecer os Pokemon antes de capturar a maior parte do tempo. Quando o cofre de falhas é engatilhado como resultado de a bola sofrer muito dano, o Pokemon é ejectado e a bola de Poke é inutilizada. Voltando ao nosso cenário, se estamos aceitando a premissa de que a Poke Ball tem algum tipo de cofre de falhas que libera um Pokemon dentro ao sofrer muitos danos, então é possível que este cofre de falhas também se aplique à bola sendo destruída por outros meios. Em outras palavras, no instante em que a bola registra o dano, o Pokemon é ejetado antes da bola ser completamente destruída. Outra possibilidade é que um fail safe seria iniciado que enviaria o Pokemon para o PC o perigo instantâneo para o Pokemon dentro dele é percebido.

Anyway, espero que isto responda sua pergunta.