Que software devo usar para criar simulações de física para alunos de k-12?

P>Acho que depende exatamente do que você está tentando fazer/do.

Você está tentando fazer uma aplicação web que você pode colocar em um site? Isso pode ser útil porque assim você ou seus alunos podem acessar o software fora da sala de aula. Nesse caso, eu recomendo que você procure o WebGL e o Three.js para fazer suas simulações. Isto exigirá JavaScript.

Como você quer que elas sejam interativas? Se você só quer fazer animações sem qualquer interface, então você pode usar Processing, ShaderToy, ou um software de modelagem de raios para renderizar suas imagens? Você pode usar Python, Java, programas shader GLSL, ou mesmo PHP para isso (sério, procure POV-Ray).

Você está procurando apenas criar uma aplicação nativa? Então algo como Unity ou outro motor baseado em OpenGL soa como uma boa aposta. Se você ainda está interessado em ter capacidades web na sua aplicação nativa e está familiarizado com o Node.js então você pode usar o framework Git's Electron para fazer uma aplicação nativa usando tecnologia web.

O ponto é que você tem opções, então você precisa corrigir exatamente como você quer que essas simulações sejam/apareçam e como você quer que elas sejam usadas. Uma vez que você descobrir isso, você pode escolher a ferramenta que faz melhor esse trabalho.