Quais são as desvantagens no stock Android?

Stock ROMs são os Sistemas Operacionais padrão que vem pré-instalado com o Smartphone.

1. As atualizações não são frequentes, pois o desenvolvimento é feito principalmente por empresas que têm que seguir um ciclo de lançamento programado.
2. Fornecer feedback ao fabricante em caso de qualquer problema é impossível, indesejável (muitas vezes com dispositivos Apple), ou um processo longo e tedioso.
3. Da mesma forma, obter suporte oficial também pode ser um incômodo, envolvendo um processo tedioso.
4. Se o fabricante do dispositivo e o desenvolvedor do sistema operacional forem diferentes (como é o caso do Android e Windows Phone 7), quaisquer atualizações lançadas pelo fornecedor do sistema operacional precisam ser editadas pelo fabricante do dispositivo ou operadora móvel para adicionar compatibilidade e software adicional antes do lançamento. Portanto, alguns dispositivos recebem atualizações atrasadas por meses.
5. As atualizações são geralmente lançadas primeiro nos Estados Unidos, deixando o resto do mundo esperando. (Acontece que existe um mundo além dos Estados Unidos, nós mesmos o confirmamos!)
6. Pior ainda, quando os fabricantes optam por não lançar mais atualizações oficiais para seus dispositivos mais antigos em favor dos mais novos, seus usuários ficam essencialmente presos às versões antigas do sistema operacional. Este caso é evidente com muitos dispositivos Android com apenas um ano e meio de idade.
7. Vários desenvolvedores de SO, fabricantes de dispositivos ou operadoras de serviços móveis adicionam restrições no firmware do estoque, desde bloquear o uso do dispositivo com uma rede/região até desabilitar o carregamento lateral de aplicativos (estamos falando de você, AT&T) não disponíveis no mercado oficial de aplicativos, até restrições avançadas removendo qualquer chance de obter acesso root, apenas para citar alguns.