No Android, qual é a diferença entre o aplicativo do sistema e os aplicativos de terceiros?

A resposta simples é - um aplicativo de sistema tem acesso a algumas permissões que aplicativos de terceiros não têm. (Mais sobre permissões de sistema e algumas outras coisas relacionadas à segurança.

Em termos práticos, isso significa que um aplicativo de sistema pode fazer coisas que aplicativos de terceiros não serão capazes de fazer, como por exemplo, instalar silenciosamente um novo pacote, ou modificar as configurações do sistema.

Note que no Android existe mais de um aplicativo de sistema. Um aplicativo é considerado um aplicativo de sistema se estiver localizado na pasta /system/app, que é somente leitura normalmente e só é atualizado quando o telefone é atualizado com uma nova imagem do sistema operacional.

Também, há algumas permissões que são concedidas a aplicativos que estão localizados nesse local, ou são assinados com o mesmo certificado que a imagem do sistema operacional é assinada. Este mecanismo permite que o OEM do telefone ou parceiros confiáveis publiquem aplicativos que podem ser baixados da loja do Google Play ou de outra loja de aplicativos, e ainda atuem como aplicativos do sistema. Por exemplo, as aplicações Samsung publicadas no Google Play podem obter algumas permissões de sistema e fazer uma integração mais profunda com o sistema operacional nos telefones Samsung, mas não poderão fazê-lo nos telefones da Huawei.