Porque é que a Nintendo tem problemas com conteúdos feitos por fãs?

O principal é que eles não querem que ganhes NADA dinheiro com o seu material protegido por direitos de autor. É por isso que, por exemplo, o Super Smash Flash 2 não foi retirado, não está a fazer dinheiro de forma alguma, nem sequer a partir de anúncios do site.

Eu acredito que outra coisa é que eles não querem que faças uma nova versão do jogo deles, mesmo que seja completamente grátis. Isto é essencialmente vender ou dar algo que eles já fizeram. A porta para PC Mario 64, Mario 64 Remake, e Another Metroid 2 Remake enquadram-se nesta categoria. Outra parte é provavelmente o facto de estarem preocupados com o facto de estes tirarem dinheiro a qualquer versão.

Para os mods de jogo, pode ser que não queiram que as pessoas partam o jogo/console, e não podem ser responsabilizados se disserem para não o fazerem. E eles especialmente não querem que as pessoas façam algo que não deveriam, como modificar algo para contornar um paywall ou obter uma vantagem injusta online.