Qual é a melhor ferramenta para organizar trabalhos científicos?

Aqui está a minha experiência na utilização de software para organizar publicações científicas.

Utilizo o BioMindmap.com durante alguns meses. Anteriormente eu usei Mendeley, Paperpile e Google Spreadsheet. Eles têm uma funcionalidade agradável, mas também algumas nuances. O Justin mencionou a Endnote, mas eu não gostei nada. Os tipos acima já mencionaram isto. Zotero é legal, mas eu prefiro reutilizar o conhecimento que foi extraído por outros. O BibDesk tornou-se recentemente inutilizável. Apesar de ser um código aberto, então você mesmo pode melhorá-lo.

PDFs são muito irritantes. Eu tinha pilhas deles no meu disco rígido. A estruturação de arquivos em forma de árvore não é boa. Eu gosto da distribuição de links cruzados em forma de gráfico ou de mapa mental. Desde o verão passado eu uso o BioMindmap para organizar provas científicas para os tópicos que me interessam como pesquisador. (I am not a lab researcher, but a text-researcher I would say.)

Pros:

1. Free software.
2. Easy interface.
3. Citations are color-coded/auto-highlighted.
4. Collaboration tool. As if you work on one big graph/mindmap
5. Scorecard that shows the validity of proofs
6. One statement’s page holds many proofs in one place. The best feature I need.
7. Automatically fetches publication’s meta author, year, etc

Cons:

1. Initially you can only propose new knowledge
2. When you submitted enough, you are approved to add more without premoderation queue.
3. Does not work offline.
4. As it is collaborated tool, someone can change your entries (as in wikipedia) if the user is reputable. Maybe this is not expected.
5. Currently there are no Favourites Lists, but developers promise to ship it in few weeks.
6. Mostly PubMed is considered a good source. But there are about 10 other domains that are ok too. Check FAQ on the website.