A PCIe 3.0/x4 vai congestionar a minha RTX 2080 Super GPU?

lightly, sim.

Em geral a largura de banda PCIe só se torna significativa na maioria dos softwares (por exemplo, jogos e software de edição de vídeo) quando você ficar sem VRAM, mas limitar PCIe a apenas 4 pistas é uma limitação bastante significativa, portanto teria algum impacto mesmo em situações onde a capacidade de VRAM não é um problema significativo.

Baseado nos testes do Techpowerup com um 2080 Ti, o PCIe 3.0 x4 às vezes é cerca de 20% mais lento que o x16, embora mais frequentemente seja apenas cerca de 5% mais lento ou menos. Como um RTX 2080 Super tem apenas 8GB VRAM e é ligeiramente mais lento que um 2080 Ti, seria mais afectado que um 2080 Ti em jogos que utilizam mais de 8GB VRAM (por exemplo, Cyberpunk 2077 em ultra settings 4K com traçado de raio ligado), mas seria ligeiramente menos afectado pelo PCIe 3.0 x4 de gargalo em jogos que não.

Em média você pode esperar que o PCIe 3.0 x4 gargalhe sua GPU em cerca de 5-10% em média comparado ao PCIe 3.0 x16, mas potencialmente mais se você jogar jogos que usam muita VRAM ou que são muito sensíveis à largura de banda PCIe por alguma outra razão.