Qual é o tamanho da unidade de alocação para um USB de 16GB?

Depende do sistema de arquivo formatado nele. Alguns aumentariam a unidade de alocação, outros podem usar uma mínima, alguns podem levar o que quer que o hardware use internamente. O mais comum seria 512 bytes até 4kiB (4096 bytes). Apesar de muitos também serem maiores.

Você até recebe alguns que (pelo menos em parte) não usam unidades de alocação. Por exemplo, o espaço MFT em um disco NTFS é usado para arquivos pequenos (menores que a unidade de alocação) e os arquivos são empacotados uns contra os outros.

As para o tamanho da unidade física (geralmente referido como um setor), que depende da tecnologia do disco. Costumava ser de 512 bytes em discos rígidos antigos. Mas atualmente, o mais comum (especialmente em flash e SSD) é o 4kiB. Especialmente nesse tamanho (16 GB), ele não seria maior que isso, mesmo os discos da faixa de TB ainda usam esse tipo de tamanho de setor. Embora você possa encontrar alguns com setores físicos maiores.

Se você deseja saber que tamanho você deve fazer ao formatar, basta deixá-lo no padrão. A maioria dos SOs ajustar-se-ia automaticamente para corresponder ao tamanho do sector ou algum factor do mesmo. O melhor desempenho vem quando você lê/escreve um setor inteiro de uma só vez. O pior é quando apenas parte do setor é lido/escrito - muito esforço desperdiçado na parte não necessária.

Se você sabe que você só vai colocar muitos arquivos muito pequenos lá, então pode ser melhor você reduzir as unidades de alocação para que haja menos espaço desperdiçado. Embora, como dito, alguns sistemas de arquivos têm uma maneira de lidar com arquivos tão pequenos. Normalmente você não precisa se incomodar.