Porque é que o 3DS pode jogar os jogos da N64 remasterizados, mas não os jogos da SNES?

você está fazendo algumas suposições ruins, o que é um erro comum.

o 3DS(e na verdade até o GBA e NDS) podem todos rodar jogos SNES remasterizados, basta olhar os jogos como um link para o passado(GBA) e chrono trigger(NDS), o que eles não podem fazer é uma emulação SNES adequada.

uma remasterização, porta, ou remake tem todo o seu código central reescrito para a nova plataforma, para que possa fazer uso eficiente dos seus recursos(embora mesmo assim nem sempre seja tão eficiente como um jogo novinho em folha)

na emulação o dispositivo(3DS neste caso) tem que reescrever o código na mosca, o que é cada vez mais difícil quanto mais as 2 plataformas diferem.

o SNES é no papel um fraco em comparação com o 3DS, mas tem uma enorme vantagem que falta ao 3DS: a última GPU 2D. a GPU SNES tem um grande número de funções para manipulação de sprites 2D como muitas camadas, efeitos de partículas, transparência, escalonamento, rotação, inclinação, e até mesmo gerar um ambiente 3D simulado usando apenas ativos 2D.

a GPU 3DS quase não possui recursos de manipulação de sprites 2D, ela pode fazer manipulações semelhantes em imagens planas, mas o faz tratando-as como objetos 3D. isso significa que a GPU não pode manipular nenhuma instrução nesses jogos SNES, e em vez disso a 3DS tem que processar todas as instruções da GPU usando sua CPU mais flexível.

isto significa que o 3DS está tentando seguir instruções destinadas a uma CPU que fala uma linguagem completamente diferente (como comparar inglês e chinês) e ao mesmo tempo processar instruções destinadas a um chip altamente especializado (como pedir a um GPU inglês para realizar uma cirurgia cerebral, com apenas um livro de medicina chinesa para referência).

isto é simplesmente demais para o 3DS lidar mantendo exatamente a mesma velocidade e qualidade de um SNES original.

emulação no novo 3DS tem 3 vezes mais núcleos de CPU à sua disposição, dando-lhe apenas energia bruta suficiente para emular todas as funções de um SNES enquanto mantém 60 frames por segundo na maioria das vezes (mas mesmo o novo 3DS às vezes cai alguns frames)

eles poderiam ter feito remasterizadores SNES (como fizeram com o GBA e o NDS) mas isso seria muito mais trabalho. porting/remaking 1 game é quase tanto trabalho quanto fazer um do zero, enquanto lhes dá 1 jogo para vender. fazer um emulador é um pouco mais de trabalho do que portar um jogo, mas lhes dá uma maneira de trazer tantos jogos quanto eles gostariam.

long story short: um jogo SNES devidamente emulado é de fato mais difícil de rodar do que um jogo N64 devidamente portado.