Porque é que alguns ficheiros .exe abrem directamente sem serem instalados no computador? Como este problema pode ser resolvido?

FYI: "exe" significa "executável" como em "arquivo binário executável".

Então, sua suposição está errada. Um arquivo exe não é um instalador. Na verdade, a Microsoft também criou o formato MSI, que é o formato de arquivo do instalador de pacotes da Microsoft.

Executables pode realmente ser todos os tipos de aplicações. O arquivo exe é o próprio formato do arquivo de aplicação. Mesmo que isso signifique, a aplicação é um instalador. Isso também é uma aplicação!

O instalador pode realmente fazer uma série de coisas. Mas basicamente é apenas um helper.

O instalador pode, por exemplo, extrair arquivos que foram antes colocados em um único arquivo e podem ter sido compactados. O formato Zip seria um exemplo disso.

O instalador também pode adicionar algumas configurações. Como por exemplo, registar a aplicação no registo do Windows. Tudo isso é feito por uma aplicação. Um EXECUTÁVEL binário!

O instalador também pode adicionar o aplicativo à sua lista de aplicativos, para que você possa depois desinstalá-lo da sua lista de aplicativos em geral.

Mas na maioria das vezes, o instalador apenas distribuiu os arquivos que o aplicativo vem com nos diretórios onde eles pertencem. Como a aplicação para o diretório em que você quer que ela seja instalada. Ou arquivos de biblioteca para os diretórios de acordo com a pasta Windows na sua partição C.

A razão pela qual você vê ambos, aplicativos diretos e também instaladores como formato exe é, porque exe é o formato primário para aplicativos executáveis no Windows!

BTW, eu acho que o problema subjacente é outra coisa. Ou você realmente considera um problema, que um aplicativo tenha a extensão do exe? Não, você não está certo? Exe, msi, jpg, png,... o que é isso para ti afinal? Não queres que a aplicação estrague a tua pasta de download ou o ambiente de trabalho, mas não sabes como organizá-la, porque te faltam os conhecimentos básicos, certo? Esse é o verdadeiro problema aqui. Não a extensão e formato do arquivo.

Então, antes de mais nada, comece a gerenciar seus dados. Porque o download para ambos é um sinal de má gestão de dados e do sistema.

Segundo, basta mover a aplicação (cortar, colar) para onde você quer que ela esteja. O arquivo, a pasta inteira... o que quer que venha com ele. Depois use o botão direito do mouse... sim, você lê corretamente, o direito, não o esquerdo... para arrastar o arquivo da aplicação (o exe) para a sua área de trabalho. Ao soltar o botão direito do mouse na área de trabalho, você terá uma lista de opções. Uma delas é a opção de criar um link. E isso irá criar o ícone da área de trabalho para você. É claro que você pode renomeá-lo ou colocá-lo na seção de ícones na sua barra de tarefas. Isso depende de você.

É assim que você corrige o problema real. Aprendendo, entendendo e gerenciando corretamente ;)