Uma SSD externa USB 3.0 pode ser mais rápida do que o HDD de um laptop interno?

Não que possa, será sempre mais rápido, embora a interface SATA-III permita transferência a até 6Gbps vs 4.8Gbps do USB 3.0.

Porquê? Bem, existem dois fatores:
1) dificilmente qualquer disco rotativo é capaz de atingir 600MB/s de transferência. Mesmo os discos SAS 15000rpm mais rápidos lutam para alcançar esta taxa de transferência, quanto mais os discos 5400/7200 rpm utilizados na maioria dos computadores de consumo.
2) e muito mais importante, por causa da LATENCIA. Isto diz-lhe quão rapidamente o dispositivo de armazenamento é capaz de localizar os dados solicitados e iniciar a sua entrega. Os discos rotativos melhoram isso através da utilização da memória cache, mas a maioria dos discos de consumo tem apenas 16MB de cache, alguns têm 64MB (como o WD Caviar Blue), e os melhores (como Seagate Exos ou WD Caviar Black) têm 128MB. Mas quando os dados necessários não estiverem no cache, o disco rotativo precisará de entre 10 e 30 milissegundos para localizar o que você deseja. Em contraste, os SSDs geralmente têm a latência de microssegundos de um dígito, o que significa que eles começam a entregar cada setor de dados mais de mil vezes mais rápido. Este é o fator mais importante, graças ao qual seu computador Windows com disco de sistema rotativo iniciará na área de trabalho em dezenas de segundos, enquanto o mesmo computador com seu sistema operacional no SSD mais lento fará a mesma coisa em segundos de um dígito.

Deseja uma comparação da vida real? Aqui vão alguns...
Acer d150, Intel Atom N270@1,6GHz, 1 core / 2 threads, 1,5GB DDR2, Windows XP Home SP3, boot to desktop com autologon:
Seagate Medalist 160GB, 5200rpm, 8MB cache: cca 260 segundos
Intel 320, 40GB MLC SSD: cca 17 segundos

p>Dell Vostro 1310, Intel Core2Duo T8400@2,4GHz, 2 núcleos / 2 fios, 8GB DDR2, Windows XP Pro SP3:
Medalista Seagate XT 750GB (híbrido de 1ª geração com cache SSD SLC de 8GB): 47 segundos
Intel 310, 40GB MLS SSD: cca 11 segundos

Dell XPS14, Intel Core i7-3337U, 2core / 4ª leitura@2,6GHz, 8GB DDR3L, Windows 7 e 10:
Medalista Seagate 500GB, 5200rpm, cache de 16MB: 160 segundos
aData Premier 310, 128GB SSD MLC mSATA-III: cca 8 segundos

p>Dell Inspiron 7559, Intel Core i7-6770HQ@2,6GHz, 4core/8threads, 16GB DDR3L, Windows 10 Pro:
Seagate 1TB hybrid com cache SSD MLC de 32GB: cca 130 segundos
WD Green 1ª geração (pré-3D NAND) 240GB, M.2-SATA-III: 6 segundos

A diferença de resposta de todo o sistema enquanto utiliza as aplicações é semelhante à diferença nos tempos de arranque. O 10″ Acer com SSD foi, apesar de cca 6 vezes mais lento CPU e 1/5 de RAM, visivelmente mais rápido que o Vostro 1310 com disco rotativo. A única forma do disco rotativo poder competir com o SSD era através da cópia das pastas ProgramFiles para um disco RAMdisk em 4GB superiores inacessíveis e executar as aplicações a partir daí.