O Nexus Mod Manager classifica a ordem de carga?

Automaticamente? Não, não por si só, apesar de estar ligado ao Loot que eu acredito. Para ser justo, a menos que você tenha uma ordem de carga particularmente simples de configuração do mod é melhor gerenciada manualmente - cada solução automática que encontrei fez um hash de algo ou outro, mesmo que fosse apenas uma pilha complexa de mods com scripts interdependentes que teria sido impossível até mesmo para os humanos ordenarem sem a leitura cuidadosa dos guias dos autores.

Esse é realmente o ponto, porém, ler as orientações é importante, e suas prioridades pessoais ditarão sua ordem de carga melhor do que qualquer solução de software.

Eu quase sempre neste ponto recomendo o Mod Organizer 2, superior ao NMM em praticamente todos os sentidos, não sendo a menor destas formas a habilidade de fazer malabarismos não destrutivos na sua ordem de carga e, portanto, experimentar com segurança. Overwrites e dependências são destacadas ao selecionar um mod na sua lista, o que torna as coisas fáceis de começar, mas não termina aí. Ativos e plug-ins podem ser encomendados separadamente (e portanto de forma diferente) e você provavelmente encontrará as possibilidades de personalização dessa forma, tornando a ordem de carga uma tarefa (quase) interessante e divertida.