Como pode um crack para um jogo estar funcionando e um trojan?

Como a maioria das respostas diz aqui, certifique-se de que você pegou o crack de um site em que confia. Antivírus' normalmente detectam executáveis quando eles foram adulterados, mas na maioria dos casos eles são falsos positivos.

Mas há algumas exceções! Qualquer pessoa que faz um vírus quer que ele fique invisível pelo maior tempo possível. Se você baixar um crack de um site de aparência duvidosa, e ele não faz nada quando você o lança, as chances são de que você o apague imediatamente. Se for um key logger, isso significaria que provavelmente não estaria no seu sistema o tempo suficiente para pegar seus dados privados, como senhas, etc. É por isso que existe a possibilidade de quem fez o crack mascará-lo fornecendo um crack funcional.

Uma maneira de verificar se ele está fazendo algo suspeito em segundo plano é tentando apagar o executável depois de fechar o jogo. Se ele reclamar que está em uso, provavelmente é hora de se livrar dele.

(Disclaimer: Isto não vai funcionar em todos os casos, apenas nos menos sofisticados)