Como eu iria portar um jogo de PC (Especificamente FNF) para um .cia 3DS?

Você não.

Sem o seu jogo foi feito do zero com o 3DS em mente, isso não vai funcionar.

Jogos de PC geralmente dependem de uma série de funções (estamos falando de alto nível e nível de programação aqui) que são oferecidas pelo Sistema Operacional que um 3DS simplesmente não pode oferecer.

Desenvolver para um computador de mão significa que você tem que reduzir seus ativos, para que eles possam ser mostrados na tela menor de um dispositivo (geralmente) de baixa potência. Eles também têm uma arquitetura diferente, o que essencialmente significa que o jogo não vai rodar sem que você redesenha todo o mecanismo para rodar no hardware mais modesto.

Sem mencionar que você precisaria adaptar os controles. Os botões são fáceis o suficiente, mas mudar de apontar-e-clicar para o ecrã táctil? Prepare-se para aprender como os controles de toque realmente funcionam, porque definitivamente não são a mesma coisa.

Porting games like that is a major development task, and even big companies outsource that kind of job to other, more specialized companies, especially when it comes to portable versions.

Não há atualmente uma maneira confiável de fazer downgrade de um jogo de PC de uma maneira que rodaria em um 3DS.

Todos os jogos existentes que rodam em ambas as plataformas foram portados do 3DS para o PC (o que é indiscutivelmente mais fácil) ou foram desenvolvidos com ambas as arquiteturas em mente desde o início.