Como eu iria colocar o Kali Linux no meu Nexus 5X?

Absolutamente possível. Dependendo de alguns fatores.

Quem é o seu provedor? Alguns telefones (não 100% certeza sobre o Nexus, isto pode nem se aplicar a você em particular), principalmente os mais novos da marca Galáxias e usados pela Verizon Wireless, não têm sido exatamente os dispositivos mais amigáveis à raiz. Um bootloader bloqueado, que aparentemente tem sido notoriamente difícil de ser utilizado, é a causa aqui. O mesmo telefone sem marca, entretanto é provavelmente um alvo root fácil.

Dependente do seu telefone (além disso, do hardware que ele usa), você pode ter alguns problemas de driver ou limitações de hardware. Uma parte decentemente grande do Kali depende da sua placa wifi poder operar em "modo promíscuo", por exemplo. Mesmo sem esta opção de hardware, você pode perder muito da capacidade que Kali fornece. Existem provavelmente drivers que podem funcionar com o hardware que você tem, mas se você já tentou mudar os drivers/firmware de uma placa wifi (muito menos um encontrado dentro de um telefone celular), você pode entender a frustração e dificuldade que drivers "universais" podem ser ilícitos - um problema ainda mais assustador pela precisão e estabilidade necessárias para muitas funcionalidades encontradas no Kali. Que dor de cabeça.

Encontrar uma raiz estável e confiável para o seu celular também pode ser um exercício de paciência. AL embora suas rotinas e softwares sejam muito conhecidos para ajudá-lo a enraizar seu aparelho, isso não é algo que a maioria das pessoas faz com freqüência, e a cena pode ser assustadora. Embora não seja ilegal, ainda assim é uma prática muito "underground" para enraizar seu telefone, e instalar o Kali (ou no meu último caso de tentativa, BackTrack - a mesma coisa que eu sei) apenas reforça essa idéia. As pessoas podem ser manipuladoras, seja pela fama, fortuna ou apenas para ter outro dispositivo móvel infectado em um botnet, e em um espaço de trabalho onde um único dígito no número do modelo pode significar a diferença entre um telefone celular enraizado e um tijolo plástico caro, isto pode ser muito fértil "terreno de caça" para aquele tipo particular de saco de lixo.

Também, um dos maiores problemas aqui é a sua paciência. A instalação padrão do Kali não é necessariamente uma tarefa difícil (eu já fiz isso centenas, se não milhares de vezes), no entanto a idéia de lidar com a instalação com o teclado/tela de discagem em miniatura no meu telefone (mais uma vez!) me dá uma dor de cabeça de tensão em si.

TL;DR: É possível? Sim, dado que você se encaixa nas limitações de hardware/rede e tem a paciência e o conhecimento para executar a tarefa. Tenho 98% de certeza que o Nexus é amigável à raiz - são os 5x em que estou incerto, mas sei que o Nexus 6 e 6p são bons, já que estou virando minha Galáxia atual para o Nexus na próxima semana, mais ou menos, porque estou farto do bloatware que a Verizon exige que um telefone não enraizado seja sobrecarregado!!

Boa sorte em qualquer caso. Se você está confortável com o Kali/Linux como um todo, conhecedor do seu celular, sua operadora e da rotina de enraizamento em geral, você deve estar bem. Prepare-se para alguns erros estranhos e potencialmente algumas tentativas diferentes de reinstalação.