Qual é a diferença entre uma máquina virtual e uma área de trabalho remota?

O protocolo RDP (remote desktop) é apenas uma forma de se conectar ao seu PC (ou servidor) a partir de um local remoto.

Uma máquina virtual é literalmente um encapsulamento de um PC ou servidor que roda em um hipervisor. Eles hypervisor podem gerenciar vários PCs ou servidores virtuais para uma única peça de hardware, simultaneamente. Isto faz um uso muito eficiente dos recursos de hardware, o que significa que você pode comprar um servidor físico robusto versus vários servidores menores, e obter a mesma quantidade de trabalho feito. Todos os PCs ou servidores rodam independentemente, e não sabem que estão compartilhando recursos físicos.

A maioria dos servidores fica ociosa a maior parte do tempo (rodando menos de 5% de CPU, em média). Por que ter 10 caixas físicas, cada uma rodando 5% de utilização, quando você pode colocar esses 10 servidores em uma caixa física? Fazendo isso, economiza muito $ em hardware, além de proporcionar economia na sua conta de eletricidade. Também economiza no lado de resfriamento da equação (servidores produzem muito calor).

Obviamente, você pode RDP para uma VM, assim como você pode para o seu desktop ;)