Existe um gerenciador de arquivos para Windows que me permite selecionar todos os arquivos pares (ou irregulares) em uma pasta?

Como Aziz Kabyshev já mencionou - usando o Explorer normal (que é o gerenciador de arquivos padrão embutido no Windows) deve funcionar bem para o seu cenário. Basta mudá-lo's view para algo como "Tiles" / "List" / "Icons", depois redimensionar a janela de modo a mostrar o número correcto de colunas.

Então deverá ser capaz de seleccionar a 1ª / 2ª / 3ª / etc. coluna usando uma selecção de cruzamento. Ela tem a vantagem adicional de ser facilmente ajustável por qualquer uma das propriedades do arquivo, por exemplo, Nome, Tamanho, Tipo, Data, etc. Isto é, a cada 3º arquivo ao listá-los por data de criação, ao contrário de listá-los por nome de arquivo. BTW, mesmo no Linux I'teria sugerido que você usasse o gerenciador de arquivos (e.g. Dolphin) de maneira similar.

Se você quisesse "selecionar" arquivos para processamento em lote (i.e. linha de comando), então I'teria sugerido que você aprendesse a usar o PowerShell. It'é a "mais nova" linguagem de script para Windows, efetivamente uma linha de comando mais poderosa (como nos antigos arquivos BAT do DOS), basicamente similar aos scripts BASH do Linux's. Como o User-9335495167434523851 já mencionou. Você'd muito provavelmente acabará com um loop para percorrer todos os arquivos em uma pasta, e tem uma variável de contagem para incrementar e verificar - assim você executa as ações em lote somente naqueles arquivos na contagem que você escolher.