Qual é a melhor biblioteca JS para usar para uma aplicação web de mapeamento mental?

Dependente do porque você está fazendo o projeto (auto-educação, para atender a alguma necessidade particular que o software de mapeamento mental existente ainda não faz, etc) você pode querer apenas tentar fazê-lo sem uma biblioteca. Você pode usar as APIs embutidas da Canvas e/ou SVG para isso. Eu recomendaria o SVG por ser um software stateful e necessitará de menos trabalho para ter a interação implementada.

Além disso, D3 é uma biblioteca realmente útil para desenvolver visualizações de dados complexos.

Você também vai precisar de algum código para suportar a persistência (local ou remotamente), então você vai precisar pensar sobre como você quer fazer isso. Como e onde você quer que seus dados sejam armazenados e em que formato? Este vai ser um fator decisivo importante em quais bibliotecas ou frameworks você incorpora (ou como você escreve o código original).

Como você vai representar a posição dos nós, o texto ou outro conteúdo contido neles, e as relações entre eles? Este é provavelmente um problema mais difícil do que desenhar o próprio mapa, especialmente se você pretende suportar mapas muito grandes, relações complexas, ou uma variedade de conteúdos de nós além de texto (imagens? vídeo? áudio?). Sua escolha da biblioteca de desenho pode informar sobre isso, já que você idealmente quer que seus dados estejam próximos a uma relação 1:1 com o que a biblioteca de desenho espera, embora na prática não vá funcionar dessa forma.

O que você quer fazer com relação à autenticação? Se você planeja ter mais de um usuário e/ou colocar isso online, você precisa descobrir isso.

E quanto ao estado da aplicação fora do conteúdo do próprio gráfico? Você precisará selecionar bibliotecas ou escrever código para ajudá-lo com isto.

É um projeto enganosamente grande para assumir se você quiser fazer algo que seja útil no mundo real, mesmo que você esteja planejando usá-lo apenas para você mesmo. O que eu não digo para te desencorajar - eu só quero dizer que você precisa pensar bem em tudo isso e ter respostas antes de poder restringir a combinação certa de ferramentas.