Existem programas usados para fazer mapas para videojogos em geral? Se sim, quais são os melhores para iniciantes?

Você pode usar o método de mapas de altura para transformar imagens topográficas, como um screenshot do Google's satellite maps, em mapas no motor. O gerador de mapas de fantasia do Azgaar's pode ajudar com isso, pois pode gerar um mapa em altura. Você precisará brincar com as configurações um pouco, porém, você pode usar um programa de modelagem 3d, como blender ou 3DS Max, e imagens de referência para construir um mapa 3d, depois importe-o para a engine de seu jogo de escolha.

Agora, com isto dito, todos estes métodos vão precisar de um pouco de trabalho para entender, e possivelmente um ou dois tutoriais, mas são os métodos mais fáceis. Tenha em mente que as ferramentas de desenvolvimento de jogos estão sempre evoluindo, por isso novos métodos certamente surgirão. Também fique de olho na loja de plugins que pode fazer algumas dessas coisas para você.