Qual é o melhor motor para fazer aplicações?

Tentarei responder da perspectiva do desenvolvedor de aplicativos móveis.
Tipicamente para aplicativos móveis não usamos a palavra "engine", mas sim "framework".
Tenho certeza de que não existe o "melhor engine". Há muitas coisas que você tem que levar em conta.
Se sua prioridade é entregar seu aplicativo ao maior número de clientes possível, você provavelmente precisará de algo como Kinetise, PhoneGap ou Appcelerator ou mesmo abandonar a idéia do aplicativo e criar um site com web design Responsive que funcionará em qualquer SO/dispositivo.
Se você quiser criar um jogo o melhor seria alguma engine de jogo especializada como Unity ou Unreal Engine.

Mas se você estiver tentando construir um aplicativo móvel típico que funcione rápido e tenha boa aparência e você está visando algumas plataformas, eu recomendaria não usar nenhuma engine de terceiros para a criação de aplicativos. Foco em ferramentas entregues pelo produtor do sistema operacional, use UIKit para iOS, use Android SDK para Android, use ferramentas entregues pela Microsoft para Windows Phone (don't conheça-os). E o mais importante: desenhe separadamente para cada plataforma. Não há nada como um bom design universal de aplicativos, cada plataforma tem suas próprias regras e padrões. Use "material design" para Android e "panorama control" para Windows Phone mas não tente imitar o UIActivityViewController em outras plataformas além do iOS (ou qualquer outro elemento UI específico do SO).
Se este é o seu primeiro projeto móvel focado em uma plataforma, aquela que você mais se importa, e reveja os resultados. Se o seu projeto falhar, você perderá menos esforço se você desenvolver para uma plataforma. Se você quiser fazer grandes mudanças nos processos de negócios porque encontrou problemas logo no início do seu projeto, seria mais fácil repensar, entregar e analisar os resultados para um aplicativo em vez de dois deles. Se você entregar seu aplicativo mais rápido, você ganhará dinheiro e ganhará feedback dos usuários mais cedo.