Porque é que a qualidade de imagem no iPhone 6 é melhor do que em qualquer telefone Android com a mesma especificação?

A resposta a esta pergunta é complexa. A qualidade das imagens capturadas por uma câmera não depende da contagem de megapixels no mínimo. Confuso? A resolução Full HD é tomada como 1920*1080. Calcule isso e você'perceberá que é igual a 1,92 milhões de pixels, ou, ~2MP. O que significa que uma câmera com uma resolução de 2MP é suficiente para visualização em uma tela Full HD. Então, além de fazer uma imagem grande o suficiente para ser exibida em telas grandes, os megapixels fazem squat.
Então, como exatamente faz uma câmera smartphone ser boa? It'é mais uma coisa de equipe, sendo a equipe hardware + software. O sensor é a parte mais importante da câmera. Imagine toda a luz como água, e o sensor de luz sendo o balde. Quanto maior for o balde, mais luz pode ser coletada. E a luz compõe a imagem. Depois há outras características como estabilização da imagem, correção cromática, alguma combinação patenteada de H/W & S/W (por exemplo, Nokia Pureview) etc.
Então, se um IPhone tem melhor qualidade de imagem do que outros telefones andróides de mesma ou melhor configuração, estes são os fatores que contribuem para os resultados.