Quais são as melhores aplicações Auto-Tune de graça?

Bom E de graça? Não é provável. Há alguns que vêm como um plug-in "incluído" com algum software e DAWs, mas nada isolado ou mesmo remotamente de baixo custo ou "gratuito". O "AutoTune" original foi feito pela Antares, e tem vindo a baixar muito de preço, e agora é decentemente acessível como plug-in. Não tenho a certeza se ainda fazem uma peça de hardware, mas tenho uma única unidade de rack que tem cerca de 20 anos e ainda funciona perfeitamente.

Há também o hardware TC Helicon "VoiceLive", pode ser uma versão plug-in, mas duvido que haja uma versão de software autónoma. Também tenho a sua versão de hardware "VoiceLive Touch" que se prende bem a um suporte para microfone, muito útil para usar ao vivo OU enquanto gravo. O seu hardware também tem um preço muito baixo, e é acessível para a maioria das bandas/músicos, e funciona muito bem tanto para sintonia automática como para harmonização via estrutura de acordes ou MIDI. Ele também vem em uma versão com pedal de acionamento.

Eu nunca vi uma versão independente de qualquer software de autotune, mas isso não significa que não exista, apenas não é muito popular (ainda), se ele existir. Se existir (alguma vez), não será barato.